Hasan TB target prioritization

Posted by Greg Crowther on 2008-07-09 22:02:13

WARNING: This list was made prior to the version 4 release of TDR Targets (Aug, 2010). Some queries included in this list may not work properly. Most likely reasons for this are changes in parameters, and/or data updates. If you experience any problem, please try re-running each search from the search page.

List description

This is an example of incorporating literature rankings of targets into TDRtargets.org. In PLoS Comp Biol 2: e61 (2006), S. Hasan et al. generate 3 ranked lists of M. tuberculosis genes, each based on a separate criterion: metabolic role, whether they are specific to Actinobacteria, and expression during dormancy. My query set includes a list of Hasan's top 400 genes (top ~10%) for each criterion as well as an intersection showing the genes that rank in the top 400 for all 3.

● Prioritizing genomic drug targets in pathogens: application to Mycobacterium tuberculosis. (2006). PLoS Comput Biol 2: e61 PubMed, Publisher.

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Import ranked queries into your history to redo the scoring strategy
  • Intersection of (227, 228, 229) (23 records), 3
    • Score for genes in query #229 (Hasan top 400, persistence criterion): weighted list
    • Score for genes in query #228 (Hasan top 400, TB-specific criterion): weighted list
    • Score for genes in query #227 (Hasan top 400, metabolism criterion): weighted list
  • Hasan top 400, metabolism criterion (399 records), 3
    • Unmatched identifiers: () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; (Rv2233) ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; ()
    • Query: Uploaded list
  • Hasan top 400, TB-specific criterion (400 records), 3
    • Unmatched identifiers: () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; ()
    • Query: Uploaded list
  • Hasan top 400, persistence criterion (398 records), 3
    • Unmatched identifiers: () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; (Rv2233) ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; (Rv0841c) ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; () ; ()
    • Query: Uploaded list